[Lilevsky]

Если отталкиваться от осцилограммы сигнала, то это весьма напоминает механические помехи типа касания струны ладов. А чем проверялась геометрия грифа? Я использую лекальную линейку. Бывало, что и верная поверхность грифа, но ноты не звучат. При более глубоком обследовании обнаруживалось, что либо все-таки не идеальная поверхность по гребням ладов, либо грешит запрессовка последних: лад не до конца зашел в прорезь при запрессовке. Недопрессованый лад заметно гасит сустейн. А этот дефект встречается даже на гитарах ценовой категории свыше 1000 у.е. Резонансные помехи, связанные с анкером или другими частями инструмента, здесь маловероятны, так как они проявляются на отдельных нотах, хотя они тоже дают искажения на синусоиде. Может даже датчик влиять на сустейн, если он слишком близко к струнам. Но тогда непонятны помехи на осцилограмме. Те номиналы деталей схемы гитары, которые обычно используются, не могут дать электрорезонансных помех.
Попадали ко мне инструменты, у которых были похожие проблемы, но они теряли сустейн плавно начиная с 12 лада по всем струнам и больше проявлялось это на первых двух, но там чувствовалось руками, что у доски быстро тухнет резонанс- это было мертвое дерво.
Лучше всего увидеть Ваш инструмент и услышать его проблемму самому. Если он в Виннице, я рад буду встретиться.
Кстати, нужно обратить еще внимание на струны, это тоже может быть причиной.