По поводу Linux - достаточно знать команды:
man
reboot
init
halt
cat
ls
su -
touch
vim/nano/mc etc
ну и конечно ключ --help
Так же документация по линуксу и его работе, есть в каждом дистрибутиве. Так что стоит его просто скачать и распечатать ? а?? А по-факту слова "Кури маны" "Танцы с бубном" - самое оно, что бы научится ему, чем сидеть и читать книги и делать все по-графику.
ИМХО: Метод тыка, напильник, и бубен, man - и никаких книг :Р
На счет php - лучше изучайте Java или python.